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1、柱壓過高 　　
    可能是微粒堵塞．柱床膨脹，不可逆吸附，細菌生長等造成的。也有可能是系統反壓問題，例如阻尼器堵塞，進樣器堵塞，管路或連接口堵塞．在線過濾器不干凈，壓力傳感器不準確等。 　　
2、柱效低 　　
     可能是色譜柱被污染、過濾片部分堵塞、色譜柱內的死體積造成，例如流動相p H值或者組成不合適造成固定相損失。流動相急劇變化造成固定相物理損壞，機械振動造成固定相產生裂縫，柱床收縮或干枯。也有可能是儀器連接的問題，認真檢查進樣器、檢測器、管路、保護柱和在線過濾器等是否連接好，也可能是色譜柱沒有平衡好，進樣量過大等問題。 　　
3、重復性差、不出峰、回收率低 　　
     可能是色譜柱被污染， 流動相 p H值或者組成不合適造成固定相損失 ，樣品溶劑不同或樣品本身不穩定，固定相極性過強或者流動相極性過弱．或者發生非特異性吸附。也可能梯度實驗時平衡時間不足，溫度波動，流動相組成改變，樣品溶劑不同，樣品穩定性不好，方法的開發不好，緩沖液的酸堿度不合適或者緩沖能力不足。